Το Πρόγραμμα Σπουδών των ΣΔΕ είναι ανοικτό και ευέλικτο και βασίζεται στην αρχή των πολυγραμματισμών και όχι σε ένα αυστηρά προκαθορισμένο και κεντρικά σχεδιασμένο αναλυτικό πρόγραμμα.
Στο Πρόγραμμα λαμβάνεται υπόψη η κοινωνική πραγματικότητα την οποία βιώνουν καθημερινά οι εκπαιδευόμενοι σε συνδυασμό με τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά τους. Οι εμπειρίες των εκπαιδευομένων από τον περίγυρό τους αποτελούν σημαντικό κεφάλαιο, το οποίο αξιοποιείται στη μαθησιακή διαδικασία. Τα ευέλικτα γνωστικά αντικείμενα, «μαθήματα», των ΣΔΕ στοχεύουν στην κατάκτηση βασικών γνώσεων και δεξιοτήτων συνδυάζοντας τυπικές, μη τυπικές και άτυπες μορφές μάθησης, αλλά και στην κατάκτηση κοινωνικών δεξιοτήτων (μαθαίνω πώς να μαθαίνω, συνεργασία, επικοινωνία, κλπ.). Οι γραμματισμοί που αποτελούν τον κορμό του προγράμματος είναι οι εξής:
- Ελληνική Γλώσσα
- Μαθηματικά
- Πληροφορική
- Αγγλικά
- Κοινωνική Εκπαίδευση
- Περιβαλλοντική Εκπαίδευση
- Πολιτισμική-Αισθητική Αγωγή
- Στοιχεία Τεχνολογίας και Φυσικών Επιστημών
- Προσανατολισμός –Συμβουλευτική σε θέματα επαγγελματικής σταδιοδρομίας
Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα συμπληρώνεται από Συμβουλευτική Προσανατολισμού σε θέματα επαγγελματικής σταδιοδρομίας και Συμβουλευτική Ψυχολογία για την καλύτερη υποστήριξη των εκπαιδευομένων σε ατομικό, κοινωνικό και επαγγελματικό επίπεδο.